Mikroben spielen in der Aquakultur eine entscheidende Rolle, insbesondere in Bezug auf Produktivität, Nährstoffkreislauf, Tierschutz, Wasserqualität und Krankheitsbekämpfung. Das Verständnis der mikrobiellen Ökologie bei rezirkulierenden Aquakultursysteme (RAS) ist jedoch begrenzt. Ein besseres Verständnis der mikrobiellen Gemeinschaften innerhalb von RAS könnte es Managern ermöglichen, ein mikrobielles Gleichgewicht herzustellen, so dass die Gesundheit der Fische, Wasserqualität und Produktion erhöht und gleichzeitig das Wachstum schädlicher Mikroorganismen unterdrückt wird. In diesem Projekt wollen wir untersuchen, wie sich die räumliche und zeitliche Dynamik mikrobieller Gemeinschaften innerhalb und zwischen Farmen unterscheiden und wie sich deren Gemeinschaftsstruktur als Reaktion auf tägliche Arbeiten, wie Reinigungen, ändern. Für unsere Forschung verwenden wir eine Kombination von verschiedenen Sequenzierungsmethoden.
Funded by SNSF grant #315230_204838/1 "MiCo4Sys"
Project team: Jessica Rieder (PhD student), Prof. Dr. Irene Adrian-Kalchhauser
A close collaboration with Dr. Adamantia Kapopoulou (bioinformatics) and Prof. Dr. Claudia Bank from the Theoretical Ecology research group at the Institute for Ecology and Evolution
Publications:
Rieder et al, Metagenomics and metabarcoding experimental choices and their impact on microbial community characterization in freshwater recirculating aquaculture systems, 2023, Env Microbiome
